DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1786 CC(C)CN1C=CC(Oc2cc(-c3ccc(OCc4ccccc4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1787 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(CC(=O)O)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1788 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(N)=O)nc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1789 CC(C)N1CCCC(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)(c2cccc(OC(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1790 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3nc4ccccc4s3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1791 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cc(O)cc(OC(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1792 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=N)N)cc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1793 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1794 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(C(=O)O)cc4C(F)(F)F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1795 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cc(F)ccc3C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1796 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccnc(Cl)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1797 Cc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cc(OC3CCN(CC(C)C)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1798 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)cc(C(C)(C)C)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1799 Cc1cc(C(N)=O)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cc(OC3CCN(CC(C)C)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1800 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(F)cc(-c3n[nH]c4ccccc34)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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