DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1831 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cc(F)cc(OCc4ccc(C(=O)O)cc4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1832 CCC1(C)NC(=O)N(Cc2ccc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NCc3cccc(Cl)c3)cc2)C1=O AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1833 CC(C)CN1CCC(Oc2cccc(C(=O)NC(Cc3c[nH]c4ccccc34)C(=O)NCCN(C)C(N)=O)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1834 CC(C)CN1CCC(NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)(c2cccc(OC(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1835 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(C(=O)O)cc4C(=O)O)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1836 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cc4ccccc4o3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1837 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cc4c(cc3Cl)C=NC4=O)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1838 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1839 CC(C)CN1CCC(NC(=O)c2ccc(C(=O)NO)cc2)(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1840 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NC(C)C)cc(-c3ccccc3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1841 CC(C)C1CCN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3c[nH]c4ccccc34)C(=O)NCC(N)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1842 Cc1cc(F)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cc(OC3CCN(CC(C)C)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1843 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C#Cc3ccccc3)cc(C(=O)NO)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1844 CC(C)(C(=O)O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCCCCC(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4YJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1845 CC(C)CN1CCC(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)cc2)(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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