DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1891 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(C(F)(F)F)CC(O)C(F)(F)C4)c3c2)ccc1O AlphaDrug 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1892 Cc1cccc(-c2nc3cc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc(C(C)(C)C)c3[nH]2)c1 AlphaDrug 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1893 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3c(c2)N2CCC(NC(=O)C2)NC(=O)/C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)=C\C=C/3)ccc1O AlphaDrug 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1894 CC(C)(O)NC(=O)C1CCCN1c1ccc(C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)N2CCCC2(C)C)cc1 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1895 CC1(C)CCCN(c2cc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccccc23)C1=O AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1896 CC(C)S(=O)(=O)c1cc(NC(=O)C2CCN(c3ccc(C4CC4)cc3)CC2)ccc1Cl AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1897 CC1(C)CCCC1C(C)(C)Nc1cc(-c2cccc(Cl)c2)ccc1O AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1898 Cc1ccc2c(c1)C(=O)N1CCC3(CCC3)CCC(C)(C)CC21 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1899 CN(C)C(=O)C1CCC(NC(=O)c2cc(Cl)cc(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)c2)C1 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1900 CC1(C)CCCN(c2cc(Cl)cc(-c3nc(NC4CCc5ccccc5C4)nc4ccccc34)c2)C1=O AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1901 CC(C)C(NC(=O)OC1CCCCC1)C(=O)OCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1902 Nc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CC(Oc4ccc(F)cc4)CC(F)(F)C3)o2)cc1 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1903 CC1(C)CCCC(C(C)(C)c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5YZ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1904 CC1(C)CC(c2ccccc2)CCC(C)(C)N(C(=O)c2ccccc2)c2ccccc2NC(=O)c2ccc1cc2 AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1905 Cc1ccc(C(=O)N(C)C)cc1C(C)(C)CC1CCC(C)(C)c2ccccc2N1C AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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