DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1906 CC1(C)CCC(C)(NC(=O)c2ccc(-n3ccnc3N)cc2)C1(C)O AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1907 CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)(c2cccc(C(=O)O)c2)C1 AlphaDrug 5IA5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1908 CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(C(=O)N3C=CN(c4ccccc4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1909 CC1CC(C)(C)CCC(C)(NC(=O)c2cnc(C(=O)NC3CCCCCC3)cn2)C1 AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1910 CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)(c2cccc3cnccc23)C1 AlphaDrug 5IA5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1911 CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)(c2cccc(N3CCN(C4CC4)CC3)c2)C1 AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1912 CC1(C)CCC(CC(C)(C)c2ccc(C(=O)Nc3cccc(OCCN4CCOCC4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 5IA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1913 COc1cc(N(C)c2cccc(-c3nccnc3OCC(C)(C)O)c2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1914 COc1cc(-c2cccc(-c3nc4c(C(=O)O)cccc4[nH]3)c2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1915 COc1cc(-c2cn(C)c3ccc(Cl)cc23)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1916 COc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)ccc1NC(=O)c1cc(C(N)=O)ccc1OC AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1917 COc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)CC1CCCCN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1918 COc1cc(-c2nccnc2OC)ccc1NC(=O)c1cccc(N2CCNCC2)c1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1919 COc1ccc(-c2cc(-c3nc4ccccc4[nH]3)ccc2NC(=O)NCc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1920 COc1cc(C(=O)N(C)C)ccc1Nc1nc(N2CCC(N(C)C(=O)C(C)(C)C)CC2)nc2ccc(OC(C)(C)C)cc12 AlphaDrug 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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