DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1951 Cc1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1F AlphaDrug 5NVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1952 Cc1cc2c(C(=O)NC3(c4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)cccc2o1 AlphaDrug 5NVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1953 O=C(O)C1CC(c2cc(F)cc(F)c2)N(C(=O)c2cc(N3CCOCC3)cc(C(F)(F)F)c2)C1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1954 O=C(O)C1CC(Nc2cccc(-c3cc(Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c4c(O)cccc4c3)c2)CN1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1955 O=C(O)COc1ccc(Cc2ccc(NC(=O)c3ccc(N4CCOCC4)cc3)cc2)cc1CO AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1956 O=C(Nc1cc(O)cc(-c2cccc(C3CNC(C(=O)O)C3)c2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1957 O=C(O)COc1ccc(CCC(=O)Nc2cc(Cl)cc(-c3cccc(C4CNC(C(=O)O)C4)c3)c2)cc1O AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1958 CC(O)C(CO)Oc1ccc(-c2cc(OC(F)(F)F)c3c(O)cccc3c2)cc1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1959 O=C(Nc1cc(-c2cccc(C3CNC(C(=O)O)C3)c2)cc(C(F)(F)F)c1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1960 O=C(O)C1CC(c2cccc(-c3cc(NC4CCOCC4)cc4ncccc34)c2)CN1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1961 O=C(Nc1ccc(O)c(-c2cccc(C3CNC(C(=O)O)C3)c2)c1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1962 O=C(Nc1cc(Oc2cccc(F)c2F)cc(-c2cccc(C3CNC(C(=O)O)C3)c2)c1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5JI8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1963 O=C(O)c1ccc(-c2cccc3nc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)[nH]c23)cc1 AlphaDrug 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1964 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(Cc3ccc4cccc(Cc5ccccc5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1965 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(Cc3cccc4ccccc34)cc2C(F)(F)P(=O)(O)O)cc1 AlphaDrug 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

1951 to 1965 of 73725 items. Total 4915 pages.