Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1996	Cc1cc(C2CC2)ccc1NC(=O)c1ccc(N2CCNCC2)nc1	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1997	Cc1ccc2[nH]nc(-c3ccc(C)c(C(=O)O)c3)c2c1	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1998	Cc1ccc(Nc2ncc(C#N)cn2)cc1C(=O)O	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1999	Cc1ccc(Nc2cc(-c3cc(C4CCN(C5CCC5)CC4)n[nH]c3=O)ccn2)c(F)c1	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2000	Cc1nn(Cc2ccc(NC(=O)c3ccc(C#N)cc3)c(N)n2)c2ccc(OC(F)F)cc12	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2001	Cc1cccc(Oc2cc(NC(=O)NC3CC3)c3ccccc3n2)c1	AlphaDrug	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2002	Cc1cc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C#N)cc3)cc2)nc(N)n1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2003	CC(C)(C#N)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)NC(Cc4ccc(-c5ccccc5)o4)C(=O)O)c3)s2)cc1	AlphaDrug	6H77	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2004	CCn1c(C(=O)NCC(C)(C)C(=O)NC(C)C(=O)N2CCC(NC(C)C)CC2)nc2ccccc21	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2005	CC(C)(C#N)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)NC(Cc4ccc(-c5ccccc5)cc4)C(=O)Nc4ccc(F)cc4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2006	CC(C)CCC(Cc1ccc(O)c(O)c1)Oc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(N)=O)C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2007	CNC(=O)Oc1ccc(C2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C#N)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2008	CC(C)C(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)NC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C#N)cc3)cc2)c1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2009	CC(C)(C#N)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)CCCC3)cc1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2010	CC(C)(C#N)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)NC(Cc4ccc(C#N)cc4)C(=O)O)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	6H77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1996 to 2010 of 73725 items. Total 4915 pages.