DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2026 COCCNC(=O)N1CCC(C(=O)N2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 5VCV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2027 Cc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(O)C(CC(C)(C)C)OC3C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5VCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2028 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C)c(NS(=O)(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2029 Cc1cnc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCCCC4)cc3)cc2)cn1 AlphaDrug 5VCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2030 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc4c(c3)N(C(=O)N3CCCC3)CC4)cc2)cc1 AlphaDrug 5VCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2031 Cc1ccc(-c2ccc(NC(=O)NC3CCCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2032 O=C(Nc1ccc(C2CC2)cc1)c1ccccc1-c1cnc(C(=O)Nc2ccncc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2033 O=C(NCc1ccccc1-c1cnc(C(=O)Nc2ccncc2)c(Cl)c1)c1cccc(NC(=O)c2ccc3ccccc3c2)c1 AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2034 O=C(NCc1ccccc1-c1cnc(C(=O)Nc2ccncc2)c(Cl)c1)c1cc(OCC(F)(F)F)c2ccccc2n1 AlphaDrug 5ZG1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2035 O=C(c1ncc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1Cl)N1CCNCC1 AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2036 O=S(=O)(Cc1cc(Cl)nc(N2CC=NCC2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2037 Clc1cc(-c2cncc(-c3ccccc3)c2)ccc1OCCN1CCOCC1 AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2038 O=C(NCc1ccccc1-c1cnc(C(=O)Nc2ccncc2)c(Cl)c1)c1cc(OCCN2CCOCC2)c2ccccc2n1 AlphaDrug 5ZG1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2039 O=C(NCc1ccccc1-c1cnc(C(=O)Nc2ccncc2)c(Cl)c1)c1cc(N2CCOCC2)ncn1 AlphaDrug 5ZG1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2040 O=C(Nc1ccncc1)c1ncc(-c2ccccc2CNC(=O)c2cccc3ccncc23)cc1Cl AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

2026 to 2040 of 73725 items. Total 4915 pages.