DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2086 O=C(O)C1CCCN(c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6FUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2087 O=C(O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)CC(C(=O)O)CC3)cc1 AlphaDrug 6FUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2088 Cc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2C(=O)Nc2ccc(SC(C)C)cc2)c1 AlphaDrug 6FUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2089 Cc1ccc(Nc2ccc(C(=O)O)c3ccccc23)cc1O AlphaDrug 6FUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2090 O=C(O)c1ccc(C2CC(C(=O)O)CN(c3ccc(-c4ccc(CC(F)(F)F)cc4)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 6FUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2091 Cc1ccc(-c2nnn(CC(C)C)c2C)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2092 Cc1ccc(-c2cccc3cnccc23)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)Nc1nnn(C2CCN(c3ccccc3)CC2)c1C AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2093 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCC1)C(=O)Nc1ccc(S(=O)(=O)NC2CCC(O)C2O)cc1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2094 Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2095 CC(C)CC1CCCCN1C(=O)c1cc(-c2ccccc2)c(-c2ccccc2)[nH]1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2096 Cc1ccc(CC(O)CC2CC=CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2097 Cc1ccc(-c2cccc3cnccc23)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)Nc1nnnn1C AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2098 CC(C)CC(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)c(-c2ccc(O)c(Cl)c2)[nH]1)C(=O)NC1CC1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2099 Cc1ccc(-c2cccc3cnccc23)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)Nc1nnn(C(O)CN)c1C AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2100 Cc1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccccc3)CC2)cc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC1CC1 AlphaDrug 6B98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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