DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2101 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2cc1O AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2102 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc(S(N)(=O)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2103 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2nc3c(O)cccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2104 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(C3(C(=O)O)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2105 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(F)ccc2cc1F AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2106 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(OC)c2)c2cccnc2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2107 Cc1c(C(C)Cc2c[nH]c3ccc(S(N)(=O)=O)cc23)cc2cc(O)ccc2c1O AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2108 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2cc1Cl AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2109 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2ccccc2cc1F AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2110 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(NC3CCC(O)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2111 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(O)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2112 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(F)ccc2cc1Cl AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2113 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2cc1F AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2114 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc2cc(F)ccc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2115 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(F)c2ccc(C(N)=O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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