DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2056 Cc1cc(CC(C)C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)ccc1OC(F)F AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2057 CC(Cc1ccc(CC(=O)O)c(SC(C)(C)C(F)(F)F)c1)c1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2058 CC(Cc1ccc(OC(F)F)cc1)C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2Cl)ccc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2059 CC(Cc1ccc(OC(F)F)cc1)C(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1CCC(=O)O AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2060 CC(Cc1ccc(OC(F)F)cc1)C(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1-c1ccccn1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2061 Cc1c(-c2ccc(C(=O)O)cc2NC(=O)C(C)Cc2ccc(OC(F)F)cc2)cc(N2CCCC2)nc1N AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2062 O=C(O)c1ccc(Oc2ccc(C(O)C(=O)NC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2063 O=C(NCC1CCCCC1)C(O)c1ccc(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2064 O=C(NC(CC1CCCC1)C(O)c1ccccc1)c1ccc(Oc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2065 O=C(OC(O)C1CCCCC1)c1cc(O)c(OCC2CCCCC2)c(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2066 O=C(NC1CCCCC1)C(O)c1ccc(Oc2nccc(C(F)(F)F)c2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2067 O=C(NCCC(O)C(=O)C(NCCC1CC1)C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2068 O=C(NCc1cccc(Oc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)c1)C(O)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2069 O=C(NCc1ccc(F)cc1)c1ccc(Oc2cccc(C(O)C(=O)NC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2070 O=C(NCC1CCCC1)C(O)c1ccc(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6FNI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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