DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2116 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2c(O)c1O AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2117 C=C1C(=O)N(C)CCCOc2cc([SH](=O)(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3ccc(OC)cc3)cc(O)c21 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2118 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc(O)c(N)c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2119 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(O)c2)c2ccc(C3(N(C)C(N)=O)CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2120 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2121 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2o1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2122 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2123 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(O)c2ccc(C(N)=O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2124 Cc1cc2ccc(O)cc2cc1C(C)Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2125 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(CC2CCCC2)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2126 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2127 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc(CO)c(Cl)c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2128 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(CO)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2129 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2130 C/C=C1\COc2cc([SH](=O)(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3ccc(OC)cc3)c(Cl)cc2CN1C AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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