Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2146	CC1(C)CCCCC(OC(=O)CCCN2CC(n3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)nn3)CCC2C(=O)NO)C1	AlphaDrug	4U71	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2147	CC1(O)Cc2ccc(-c3ccc(C(CCC(=O)O)NS(=O)(=O)c4ccccc4)cc3)cc2C1	AlphaDrug	4U71	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2148	CC1(O)CCN(c2ccc(S(=O)(=O)N3CCN(c4ccc(C(=O)N5CCCC5C(=O)NO)cc4)CC3)cc2)C1	AlphaDrug	4U71	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2149	Cc1[nH]c(-c2cnc3cc(-c4cncc(F)c4)ccn23)c(C)c1C(=O)N1C=CN(C(C)(C)C#N)CC1C	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2150	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cncc(Cl)c6)cc45)n3)nn2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2151	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6ccc(Cl)cc6)cc45)n3)cn2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2152	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccc(C(F)(F)F)cc7c6)cc45)n3)nc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2153	Cc1cncc(-c2cc3c(-c4ccnc(Nc5ccc(N6CCNC(C)C6)nc5)n4)ccnc3[nH]2)n1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2154	CC1CN(c2ccc(NC(=O)c3ccc4c(-c5ccc(F)cc5)cnc(N5CCN(C(C)C)CC5)c4c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2155	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6ccc(F)cc6)cc45)n3)nc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2156	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccc5c(c4)CC=NC5)n3)nc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2157	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7[nH]ccc7c6)cc45)n3)nn2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2158	Cc1ccc(-c2cc3c(-c4ccnc(Nc5ccc(N6CCN(C)C(C)C6)cn5)n4)ccnc3[nH]2)cn1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2159	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccc(Cl)cc7c6)cc45)n3)nn2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2160	CC1CN(c2ccc(Nc3nccc(-c4ccnc5[nH]c(-c6cnc7ccccc7c6)cc45)n3)nc2)CCN1	AlphaDrug	1FXV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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