DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2131 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2132 COc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc(C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2133 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc2cc(O)ccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2134 COc1cccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc(C(N)=O)c2)c1 AlphaDrug 2HCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2135 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1ccc(O)c(Cl)c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2136 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(N)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2137 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(OCC2CC2)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2138 CC(Cc1c[nH]c2ccc(S(N)(=O)=O)cc12)c1cc(OC2CCCC2)c2ccc(O)cc2c1 AlphaDrug 2HCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2139 CCCCn1c(=O)n(C2CCCCC2)c2ccc(-c3cc(C(=O)O)cc4cn[nH]c34)cc21 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2140 CC1(C)CC(OCC(C(=O)N2CCCC2C(=O)NO)C(O)CNC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CCCO1 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2141 CC1(C)CC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)NC(=O)c2cc(-c3ccccc3)ccc21 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2142 CC1(C)CCC(OC(=O)CCCN2CC(n3cc(-c4ccccc4)nn3)CCC2C(=O)NO)CC1 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2143 CCCc1c(C#N)c(C(=O)O)nn2c(-c3ccc(N4CCOCC4)cc3)cnc12 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2144 CC(C)(C)CCC1(C)CC(C)(C)c2c(Cl)nc(C#CCc3ccccc3)c(F)c2C(=O)O1 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2145 COc1cccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC3C(=O)NOC(=O)c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)s2)c1 AlphaDrug 4U71 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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