DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2041 O=C(Nc1ccncc1)c1ncc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1Cl AlphaDrug 5ZG1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2042 CC(C)CC(C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2c(-c3ccc(F)cc3)c(Cl)ccc2c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2043 CC(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)Cc3ccccc3)CC2)cc1)C(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2044 Cc1ccccc1-c1ccc(C(=O)C(CCC(C)C)CC(=O)NS(C)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2045 Cn1nc(-c2ccc(C(=O)NCC(C)(C)C)cc2)nc1-c1ccc(N2CCCC(C)(C)C2)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2046 CC(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2047 CC(C)CC(=O)N1CCC(c2cc(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2048 Cc1c(NC(C)(C)C)c(C(F)(F)F)cc2cc(S(=O)(=O)NC(C(=O)c3ccccc3)C(C)C)ccc12 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2049 CC1(C)CC(c2cc(Cl)ccc2-c2cnn(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CCCCS1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2050 Cc1ccccc1-c1ccc(C(=O)C(CC(=O)NS(C)(=O)=O)CC(C)C)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2051 CC(C)CC(=O)N(C)c1ccc(-c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 5VJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2052 CC(=O)CC(NC(=O)C1CC(C)CC1O)C(=O)Nc1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2053 CC(C)CC(NS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)no2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2054 CC(Cc1ccc(OC(F)F)cc1)C(=O)Nc1cc(-c2ccc(OC(F)F)cc2)ccc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2055 Cc1cc(CC(C)C(=O)Nc2cc(C(=O)O)ccc2Cc2ccc(Cl)cc2)ccc1OC(F)F AlphaDrug 5OH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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