DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1981 Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc(C(=O)c2ccc(C(C)(C)N3CCCC3)cc2)c1C AlphaDrug 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1982 Cc1ccc(-c2ccc(C(C)(C)C(C)(C)C#N)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(C(C)C)c(C)c1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1983 CC(C)c1ccc(NS(C)(=O)=O)cc1OCc1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1984 Cc1ccc(C(=O)c2cccc3c2cc(O)n3Cc2ccccc2)cc1-c1ccc(O)c(C(C)C)c1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1985 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)c4cccc5ccccc45)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1986 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CCC4CCCCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1987 CC(C)N(CCc1ccc(C(C)(C)C)cc1)C(=O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1988 CC(C)c1ccc(C(=O)c2cc3ccccc3o2)cc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1989 CCOc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1C(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1990 CCC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCCCCC3)c2)on1)c1ccccc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1991 CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1992 Cc1nnc2n3ccc(-c4cnc5c(C6CC6)c(C)ncn45)c1CCC3C(O)CN2 AlphaDrug 4ZX3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1993 CCc1ccn2c(-c3ccc(-c4cccc(CN5CCC(N)C5)c4)cc3)cnc2c1 AlphaDrug 4ZX3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1994 CCN1CCN(c2cc(C(=O)Nc3cc(C)cc(OC)c3)cc(C(C)(C)C)c2)CC1 AlphaDrug 4ZX3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1995 Cc1ccc(O)c2c1oc1cccc(O)c12 AlphaDrug 4ZX3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

1981 to 1995 of 73725 items. Total 4915 pages.