Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1966	O=C(O)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)c1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1967	O=C(O)c1ccc(-c2ccc(Cc3ccc4ccccc4c3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1968	O=C(O)c1ccc(-c2cc3cc(-c4ccccc4)ccc3n2-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1969	O=C(O)C1CCN(c2cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc(-c3c(-c4ccccc4)cnc4ccccc34)c2)CC1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1970	O=C(O)c1ccc(-c2ccc(-c3cnn(C(F)(F)F)c3-c3ccc(C4CCCCC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1971	O=C(Nc1ccccc1C(=O)O)c1cc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)n[nH]1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1972	O=C(O)C1CCN(c2cc(-c3ccccc3)cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	6DL2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1973	Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)cc(C(=O)N2CCN(c3ccc(S(C)(=O)=O)cn3)CC2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1974	CS(=O)(=O)N1CCCC(c2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(-c4ccc(F)cc4)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1975	Cc1ncc(-c2cc(C)c(C)c(C(=O)N3CCN(c4cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c4)CC3)c2)s1	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1976	Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)cc(C(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1977	Cc1cc(S(=O)(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(C(=O)c2cc3ccccc3o2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1978	Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2Cl)cc(C(=O)N2CCN(c3cc(-c4ccccc4O)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1979	Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc(C(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)Nc4cc(C(F)(F)F)ccn4)cc3)CC2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1980	Cc1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2Cl)cc(C(=O)N2CCN(c3cc(C(=O)NS(C)(=O)=O)cc(S(C)(=O)=O)c3)CC2)c1C	AlphaDrug	5LLO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1966 to 1980 of 73725 items. Total 4915 pages.