Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1921	COc1ccc(-c2cnn(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5U49	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1922	COc1cc(-c2cccc(-n3c(N)nnc3-c3cccnc3)c2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1	AlphaDrug	5U49	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1923	O=C(Nc1ccc(-c2cccc(C3CCNCC3)c2)cc1)c1ccc(F)cc1-c1nnn[nH]1	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1924	CC1(O)C(O)CC2CC1c1c(ccc(-c3cnc4ccccc4c3)c1Cl)C(=O)N2	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1925	CC12OC(CC1(N)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1926	CC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3nc(N)c4ccc(OC(F)F)cc4n3)cc2)CC1	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1927	CN1CCC(=O)c2c(c3c4ccccc4n4c3c3c2c2ccccc2n3C2(C)OC4CC2(O)CO)C1=O	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1928	CC1(O)CCC(c2ccc(-c3nc(C#N)cn4c(-c5ccc(C(=O)O)cc5)ccc34)cc2)C1	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1929	CC(C)(C)NC(=O)NC1C=C(c2cc3c(F)cc(-c4cnn5c4CCCC5)cc3[nH]2)CC1	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1930	Cc1ccc2c3c4c(c5c6ccccc6n6c5c3n(c2c1)C1(C)OC6CC1(O)CO)C=NC4=O	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1931	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CC(=O)NC4	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1932	Cc1nccc2c1ncn2-c1cc(F)c2cc(C3=CC(NC(=O)NC(C)(C)C)CC3)[nH]c2c1	AlphaDrug	5Z7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1933	CC(Cc1cc(C(=O)NS(C)(=O)=O)ccc1Cl)C(=O)Nc1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	6R1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1934	CC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)Nc1ccc(CC(=O)O)cc1	AlphaDrug	6R1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1935	CC(Cc1cc(O)cc(CC(C)C(=O)Nc2cc(C(=O)O)ccc2C(F)(F)F)c1)C(=O)O	AlphaDrug	6R1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1921 to 1935 of 73725 items. Total 4915 pages.