Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1876	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3cccc(N4CCN(c5ncc[nH]5)CC4)c3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1877	CC(=O)N1CCCC1CNS(=O)(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1878	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3nnc(-c4ccccc4)s3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1879	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3ccn[nH]3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1880	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3cccc(N4CCN(c5ccc(C(F)(F)F)cc5C)CC4)c3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1881	CC(=O)N1CCCCC1CNS(=O)(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1882	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3cccc(N4CCN(C(=O)CN(C)C(F)(F)F)CC4)c3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1883	CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(C)cc3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1	AlphaDrug	5IVY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1884	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3c(c2)N2CCC(NC(=O)C2)NC(=O)/C(c2ccccc2)=C\C=C/3)ccc1O	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1885	CC(C)(C)CN(Cc1c(C(F)(F)F)[nH]c2ccc(C(F)(F)F)cc12)c1ccc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1886	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5cccc(O)c5)C/C(=N\C5CC5)C4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1887	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC(O)C4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1888	Cc1nc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)nc2ccc(-c3ccc(O)c(C(C)(C)C)c3)cc12	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1889	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6c5)CC(O)C4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1890	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5A7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1876 to 1890 of 73725 items. Total 4915 pages.