DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1861 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(C#N)cc4N)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1862 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2C(=O)O)cc1)C(=O)NCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1863 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(/N=C3\CCC(NC(=O)c4ccc5ccccc5c4)C3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1864 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3nc4ccccc4n3CCCCNC(=O)c3ccc(Cl)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1865 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccnc(C(=O)NO)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1866 CC(C)C(C)(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NO)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1867 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cnc(C(=O)NC(C(N)=O)C(F)(F)F)c(F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1868 Cc1cccc2[nH]c(-c3cc(OC4CCN(CC(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc12 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1869 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NO)cc(-c3ccccc3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1870 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NC(Cc3ccc(C(=O)O)cc3F)C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1871 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(CC(=O)NO)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1872 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(N)=O)cc(N3CCCC3)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1873 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)ccc2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 4YJI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1874 CC(=O)N1CCC(C(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5IVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1875 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(=O)Nc3cccc(N4CCN(c5ccc(S(=O)(=O)c6ccccc6)cc5Cl)CC4)c3)cc(C(F)(F)F)n2)CC1 AlphaDrug 5IVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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