DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1756 CC1CCN(c2cc(-c3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc(-n3cc(-c4ccncc4)cn3)c2)C1 AlphaDrug 6G37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1757 NC(=O)c1cc(CN[SH]2CCC(O)CC2)ccc1NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1758 N#Cc1ccc(OCCCCNc2ccc(Cc3ccc(-c4nnc(C5CCCCC5)[nH]4)cc3)cc2C(N)=O)nc1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1759 N#Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(CC(=O)c3ccc(C4(C(F)(F)F)CCCCC4)cc3)cc2C(N)=O)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1760 NC(=O)c1cc(CC(=O)N2CCC(c3c[nH]c4ccc(Cl)cc34)CC2)c2ccc(Cl)cc2n1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1761 NC(=O)c1cc(CC(=O)OCC2CCC=CCC2)ccc1NCCCCCC1CCCCCC1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1762 NC(=O)c1cc(CC(=O)OCc2cccc(-c3ccccc3)c2)ccc1NCCCCCCCCCCCC(=O)NO AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1763 NC(=O)c1cc(CC(=O)N2CCC(c3c[nH]c4ccc(C(F)(F)F)cc34)CC2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1764 NC(=O)c1cc(COC2CC2CO)ccc1NC(=O)c1ccc(C2CCCCC2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1765 NC(=O)c1cc(CC(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1766 NC(=O)c1cc(CC(=O)Nc2ccc(-c3ccc(CN4CCCCC4)cc3)cn2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5EHQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1767 Cc1ccc(-c2nnn(-c3ccc(CNC(=O)C4CCCCC4)cc3)c2N)cc1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1768 NC(=O)C1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3nc4ccccc4s3)c(Cl)c2)C1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1769 Cc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)cc1CNC(=O)c1cc(-c2nc3ccccc3[nH]2)ccc1N AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1770 Cc1ccc(-c2nc3ccc(-c4cccc(CN5CCCCC5)c4)cc3c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

1756 to 1770 of 73725 items. Total 4915 pages.