Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1741	CC1(C)CC(NC(=O)c2cccc(C(=O)O)c2)CCN1C(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)ccc1O	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1742	CCC1(CC)CCN(c2cccc(-c3ccccc3)n2)CCC(c2ccc(C(=O)O)cc2)C1	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1743	CC(C)c1ccc(C(C)(C)NC(=O)c2cc3cc(N4CCC(c5ccc(C(=O)O)cc5)CC4)ccc3[nH]c2=O)cc1	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1744	CC1(C)CC(c2nc3ccccc3o2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccccc2C2CC2)ccc1O	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1745	CC1(C)CC(c2ccc(F)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2cc(F)ccc2F)ccc1N	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1746	CC1(C)CC(c2nccnc2-c2ccccc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccccc2C(=O)O)ccc1O	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1747	CC1CCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc(-c3cc(-c4cc(C(=O)NC5CCC(O)C5)cc(C(F)(F)F)c4)cc(N)c3O)c2)C1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1748	CC1CCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc(-c3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc(N)c3O)c2)C1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1749	CC1CCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc(-c3cc(C(=O)N4CCOCC4)cc(N)c3F)c2)C1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1750	CC1CCN(c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc(-c3cc(C(=O)OCCCC(=O)O)cc(-c4ccc(F)cc4)c3)c2)C1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1751	OC1CCN(c2ccc(-c3cn(-c4ccc(F)cc4)nc3NC(C3CCCCC3)N3CCOCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1752	CC1CCN(c2cc(-c3cc(-c4cc(C(=O)NCc5ccc(F)cc5)c(F)cc4F)cc(N)c3F)cc(C(C)(C)O)n2)C1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1753	CC1CCC(NC(=O)c2cc(-c3cccc(NC(=O)C4CC4)c3)cc(-c3cc(-c4ccncc4)ccc3F)n2)CC1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1754	Cc1cc(-c2cc(-c3ccc(F)cc3)nc(N3CCC(C)C3)c2)ccc1C(C)(C)C	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1755	COc1c(NC(C)c2ccc(F)cc2)cc(C(C)(C)C)nc1-c1cc(C(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc(N2CCC(C)C2)c1	AlphaDrug	6G37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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