Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1726	Cc1cc(-c2ccccc2)ccc1C(=O)NCC1(c2nc(C3CCC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1727	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(-c5ccc(-c6cnccn6)cc5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1728	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(-c5ccc(-c6ccccc6)cc5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1729	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(CN5CCC(C(F)(F)F)CC5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1730	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)c(-c4cncn4C4CC4)c3)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1731	CC1(C)Cc2ccc(NC(=O)NCc3ccccc3)cc2C1	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1732	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3cc(-c4cnc(N)c(C(F)(F)F)c4)ccc3F)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1733	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(-c5ccc(-c6ccc7ccccc7c6)cc5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1734	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(-c5cnn(CC(F)(F)F)c5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1735	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3nonc3NCC3(N(CC4CCCCC4)C(=O)NCCN4CCCC4)CCCCC3)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1736	CC1(C)OC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(-c5ccc(N6CCN(S(C)(=O)=O)CC6)cc5)cc34)ccc21	AlphaDrug	5VD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1737	Cc1c(-c2ccc(O)c(C(=O)N3CCC(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3(C)C)c2)cnn1C1CCCCC1	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1738	CC1(C)CC(c2ccc(F)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)ccc1O	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1739	Cc1ccc(C(O)(CC(=O)O)c2ccccc2)cc1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1(C)C	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1740	CC1(C)CC(c2ccc(C(=O)O)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)ccc1O	AlphaDrug	6NZV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1726 to 1740 of 73725 items. Total 4915 pages.