Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1696	Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1C(=O)Nc1nc(C2CCCCC2)cs1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1697	Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(NC(=O)c2ccccc2)CCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1698	Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)n2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1699	Cc1cc(C(=O)NC2CCCCCC2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccc(Cl)cc2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1700	CCCc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(CCc3cccc(OCC(=O)N4CCN(c5ccccc5)CC4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1701	Cc1cc(-c2cccc(-c3cnn(C)c3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2nc(C3CC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1702	Cc1cc(N2CCN(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccccc2)NC(=O)NC1=O	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1703	CC(C)Oc1ccc(-c2nnc(-c3cccc(CCC(=O)N4CCN(C5CCCCC5)CC4)c3)o2)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1704	Cc1cc(-c2ccccc2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2nc(C3CCCCC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1705	Cc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1706	Cc1cc(-c2cccc(-c3cnn(C)c3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1707	Cc1cc(-c2cccc(CN3CCCCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2nc(C3CC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1708	Cc1cc(-c2cccc(N3CCNCC3CO)n2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1709	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)NC4CCCCCCC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1710	Cc1cc(-c2cccc(CN3CCCCCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1696 to 1710 of 73725 items. Total 4915 pages.