DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19756 CC1(C)CCN(C2CCC(Nc3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cs3)CC2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19757 OC(CN1CCN(c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)CC1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19758 CC1(C)CCN(C(=O)C2(NC(=O)Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)CCCC2O)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19759 Cc1cc(NS(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)c2[nH]c(-c3cc4ccc(C(=O)NCC(C)C)cc4s3)nc2c1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19760 CC1CN(c2ccc(-c3ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)s3)cc2)CCN1C1CCCCC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19761 CC1(C)CCN(C(=O)C2(NC(=O)Nc3ccc(-n4cc(C5CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC5)cn4)cc3)C=CC=C2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19762 CC1(C)CCN(C(=O)C2(NC(=O)Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)C=CC=C2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19763 CC1(C)CCN(C(=O)C2(/N=c3\[nH]c(=O)n(CCC(=O)NCC(F)F)c4ccccc34)CC=CCC2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19764 CC1(C)CCN(C(=O)C2(NC(=O)Nc3ccc(-c4cccc(Nc5ncccc5N)c4)cc3C(F)(F)F)C=CC=C2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19765 CC1(C)CCN(C(=O)CCNC(=O)c2ccc3nc(Nc4cc(C(N)=O)cc(F)c4F)sc3c2)CC1 AlphaDrug 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19766 CC1CCCC(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CN1C(=O)Cc1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5DNU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19767 CC1CCCC(c2cc(O)c3c(O)cccc3c2)CN1C(=O)N(C)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5DNU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19768 CC1CCCC(c2ccccc2)CN1C(=O)Cc1ccc(-c2ccncc2)cc1 AlphaDrug 5DNU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19769 Cc1ccc(C(=O)O)cc1C1CCCC(C)N(C(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)C1 AlphaDrug 5DNU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19770 CC1CCCC(c2cc(O)c3c(O)cccc3c2)CN1C(=O)Nc1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5DNU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19756 to 19770 of 73725 items. Total 4915 pages.