DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19771 CC(C)Cc1c(C(=O)NS(=O)(=O)c2cc(Cl)ccc2Cl)c2ccccc2c2ccccc12 AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19772 CC(O)CN(CC1CCCCC1)C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19773 CC1CN(Cc2ccccc2)CCN1C(=O)c1ccccc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19774 CC(C)CC(=O)OC(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(c2cccc3ccccc23)C1 AlphaDrug 5Y12 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19775 Cc1nc2c(-c3ccccc3)c(C(=O)OC(C)(C)C)c(O)c(CC(C)C)c2[nH]c1=O AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19776 CC(C)CC(c1ccccc1)(c1ccc(Cl)cc1)C(C)(C)C(=O)O AlphaDrug 5Y12 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19777 CC(/C=N/C(=O)N1CCC(NS(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19778 CC(C)c1c(O)cc(C(C)N2CCC(NC(=O)c3ccccc3)CC2)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19779 CCN(CC)Cc1c(C)c(C(C)(C)C)cc2nc(-c3ccccc3)[nH]c(=O)c12 AlphaDrug 5Y12 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19780 Cc1cc2cc(C(=O)NC(C)c3ccccc3)ccc2n1C AlphaDrug 5Y12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19781 CC(=O)Nc1nc2ccc(N3CCC(C4CCCCC4)CC3)cc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19782 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NC3CCc4ccccc43)cc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19783 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NC3CCCC(C(=O)O)C3)cc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19784 CC(=O)Nc1cc(-c2nnc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)s2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5VYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19785 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)NC3CCCCC3O)cc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19771 to 19785 of 73725 items. Total 4915 pages.