DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21376 COc1cccc(C2(O)CCC(C(C)C(=O)N3C=CC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21377 Cc1nnc(N2CCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)n1C AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21378 Cc1ncnc(N2CCCC(C(C)C(=O)N3CCC(c4ccc5c(-c6ccc(F)cc6)c[nH]c5c4)CC3)CC2)c1C AlphaDrug 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21379 CC(C(=O)N1C=CC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccccc2)C1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21380 COc1ccc(C2CCCCC2)cc1N[SH](C)(=O)C1CCN(c2ccccn2)CC2(CCCC2)C1 AlphaDrug 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21381 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21382 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(c2ccc(Cl)cc2)NC(=O)N1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21383 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cccc(F)c2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21384 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCN(c2ccnc(C3CC3)c2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21385 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(O)cc2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21386 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2ccc(C3CCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21387 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(OCc4c[nH]c(-c5ccc(F)cc5)n4)ncnc3c2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21388 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCC(O)(c2cc(Cl)ccc2Cl)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21389 CC(C(=O)N1CCC(c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)c[nH]c3c2)CC1)C1CCN(c2ccncc2C2CC2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21390 Cc1ccc(F)cc1C1(O)CCC(C(C)C(=O)N2CCC(c3ccc4c(-c5ccc(F)cc5)c[nH]c4c3)CC2)CC1 AlphaDrug 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

21376 to 21390 of 73725 items. Total 4915 pages.