Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21316	CC1CN(c2ccc(-c3cc(N)c4c(N)n[nH]c4c3C3CCNCC3)cc2)CCN1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21317	CC1CN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCc4cccc(-c5ccccc5C(=O)O)c4)cc3O)cc2)CCN1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21318	CC1CN(c2ccc(-c3ccc4c(-c5cccc(C(N)=O)c5)cnc(N)c4c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21319	CC1CN(c2ccc(-c3ccc4c(-c5ccc6nc(NCC7CC7)n(C)c6c5)cnc(N)c4c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21320	Cc1cc(C(=O)Nc2cccc(NCc3ccccn3)c2)ccc1-c1ccc(N2CCNC(C)C2)cc1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21321	Cc1ccc(-c2cnc(N)c3cc(-c4ccc(N5CCNC(C)C5)cc4)ccc23)c(C)n1	AlphaDrug	6QAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21322	CC(=O)Nc1nnc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3C(=O)O)cc2)s1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21323	CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(Cl)c(Oc4ccc(Cl)cc4)c3)cc2c(=O)[nH]1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21324	CC(=O)Nc1nnc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c(Cl)c1Cl	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21325	CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(Cl)c(Oc4ccc(O)cc4)c3)cc2c(=O)[nH]1	AlphaDrug	4O0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21326	CC(=O)Nc1nc2ccc([N+](=O)[O-])cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21327	CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc(F)cc(Cl)c3)cc2c(=O)[nH]1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21328	CC(C)(C)CNC(=O)c1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2c(=O)[nH]1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21329	CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc(OCC(=O)O)c4nc(C)sc4c3)cc2c(=O)[nH]1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21330	CC(=O)Nc1nc2ccc(C(F)(F)F)cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4O0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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