DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21256 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21257 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21258 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21259 CCNC(=O)c1ccc(NC(=O)C(CC(=O)O)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(N)CN)cc1 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21260 CC1(C)CCC(Nc2nc(N)c(C(=O)NC3CCCCC3)cc2O)CC(C)(C)O1 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21261 OC1CC(O)CN(c2nc(Nc3ccc(-c4cnc5ccccc5n4)cc3)nc(-c3ccccc3)n2)C1 AlphaDrug 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21262 COc1cc(N2CCN(C(=O)NC3CC3)CC2)ccc1NC(=O)Nc1ccc(CN2CCN(S(=O)(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21263 COc1ccc(C(=O)Nc2ncc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)n3)s2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21264 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(CCCC(=O)Nc3ccc(Cl)cn3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21265 COc1ccc(-c2cc3c(NC(=O)NC(C)(C)C)ncnc3cc2N2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21266 Cn1c(Nc2ccc(NS(C)(=N)=O)cc2)nc2cc(N3CCC(NC(=O)Cc4ccccc4)CC3)ccc21 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21267 COc1ccc(-c2cccc(-c3cnc(N)c(C4CC=CCCC4)n3)c2)cn1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21268 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C/C=N/C(=O)C3CC=C(N4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21269 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(CCN3CCC(NC(=O)C4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21270 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(CC3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HQY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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