Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21241	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc3c2C3COc2cccc(N3CCN(C(=O)c4cccc(C(=O)O)c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	1AFS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21242	CC1(C)CCN(C(=O)C2CC2c2ccc3cc[nH]c3c2)CCO1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21243	CC1(C)CCN(C(=O)C2CC(CNC(=O)c3cccc4ccccc34)N2S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3n2)CCO1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21244	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2c3cc(C)ccc3C(=O)NC(c3ccccc3)CC2C)cc1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21245	CC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)CCO1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21246	Cn1cc2cc(S(=O)(=O)N3CC(O)C(c4ccccc4)C3(C)C)ccc2n1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21247	CC1(C)CCN(C(=O)C2CC2c2cccc3ccccc23)CCO1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21248	COc1ccc(CCC2Cc3ccccc3CCN2C(=O)OC(Cc2ccccc2)c2ccc3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21249	CC1(C)CCN(C(=O)C2CC(CNC(=O)c3ccccc3C(F)(F)F)N2S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)CCO1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21250	CC1(C)CN(c2cccc3ccccc23)CC(O)C(=O)N1	AlphaDrug	6GHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21251	CN1CCN(C(=O)CN2CC(c3cccc(Cl)c3)CC(C(=O)N3CCOC(C)(C)CC3)N2)CC1	AlphaDrug	6GHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21252	CN1CCN(c2ccc(Nc3nc(NC4CC4)c4ncc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)cc4n3)cc2)CC1	AlphaDrug	5OS7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21253	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5OS7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21254	COc1cc(-c2cc(C(=O)NCCCCC(=O)O)ccc2OCc2ccccc2)ccc1O	AlphaDrug	5OS7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21255	COC(=O)c1ccc(Nc2nc(NC3CCCCC3)ncc2C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5OS7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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