Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21286	CC1=NC2CC(Nc3nc4ccccc4[nH]3)CC1OCc1ccccc12	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21287	COc1cccc2c1C/N=C(/C)CCC(c1ccccc1OCCC(CO)C(=O)NO)C2	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21288	O=C(O)c1ncc(-c2ccc(OCCN3CCOCC3)cc2)c2sc(NC3CCC(O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21289	CC1=NC2CCC(CN(C(=O)C(CC(=O)Nc3ccccc3)NC(=O)C3CCC(C(=O)O)CC(C)C3)C2)N1	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21290	C/C1=C/CCC(Nc2nc3ccc(Cl)cc3s2)COC(=O)CC1	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21291	CC1=NC2(CCCC2)C1C(=O)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1O	AlphaDrug	6FS0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21292	COc1cc(S(=O)(=O)N2CCC(N3CCN(C)CC3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21293	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c2ncn(-c3ccc(OCCN4CCOC(C(=O)O)C4)cc3)c2c1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21294	COc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)c(OC(C)C)c2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21295	COc1cc(-c2cccc(-c3ccc(Cl)cc3)c2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21296	COc1cc(-c2cccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)c2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21297	COc1cc(-c2ncn(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2C)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21298	COc1cc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21299	COc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(OCCC(=O)N3CCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21300	COc1cc(C2(C)CCN(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)ccc1NC(=O)NC1CCCCC1	AlphaDrug	5CP9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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