DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21301 COc1cc(N2CCN(C(=O)NO)CC2)ccc1Nc1ncnc(Nc2ccc(Cl)cc2)n1 AlphaDrug 5CP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21302 CCc1nnc(-c2cccc(C(=O)NC(C)Cc3cccc(Cl)c3)c2)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21303 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-n4cnnc4-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21304 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-c4nnc[nH]4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21305 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-c4cncc(C(=O)NCCC5(C(=O)NCC(=O)O)CC5)c4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21306 CCc1nnc(-c2ccc(C)c(C(=O)NCc3cccc(Cl)c3Cl)c2)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21307 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-n4cnnc4-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21308 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-n4cnnc4-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21309 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(-n4cnnc4-c4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21310 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(C(=O)NCc4ccc(OC)c(OC)c4)c(-c4ccccc4)c23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21311 CCc1nnc(-c2cccc3ccc(N(C)Cc4cccc(Cl)c4C(F)(F)F)cc23)[nH]1 AlphaDrug 5HZ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21312 CC1CN(c2ccc(-c3ccc4c(N5CCN(C(=O)NCC6CC6)CC5)cnc(N)c4c3)cc2)CCN1 AlphaDrug 6QAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21313 CC1CN(c2cc(C(=O)Nc3cccc(Nc4nc5cc(-c6ccc(F)cc6)ccc5[nH]4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CCN1 AlphaDrug 6QAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21314 Cc1nc2ccc(-c3cnc(N)c4cc(-c5ccc(N6CCNC(C)C6)cc5)ccc34)cc2n1C(=O)C1CC1 AlphaDrug 6QAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21315 Cc1cn2nc(-c3ccc(N4CCNC(C)C4)cc3)cc(Nc3cnc(C(F)F)nn3)c2n1 AlphaDrug 6QAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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