DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21211 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(CCNC(=O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21212 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2c(NC3CCCCC3)cc(-c3ccc(F)cc3)cc2C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21213 Cc1ccc2[nH]c(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)c3c(c1)/C=C\CCCC2C3 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21214 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4nccc(CC(=O)Nc5ccc(F)cn5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21215 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4nccc(NC(=O)CN5CCN(c6ccccc6)CC5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21216 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)C(F)(F)F)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21217 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)N(C(=O)C2CCCCC2)C2CCC3C2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21218 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)C(CN(C)C)C4)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21219 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)C(C(=O)N3CCCC3)CC4)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21220 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2(c3ccc(N4CCN(C5CCCCC5)CC4)cc3)CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21221 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)Nc5ccc(C(F)(F)F)cn5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21222 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC4CC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21223 Cc1ccc(-c2cc3[nH]c(-c4ccc(F)cc4)cc3c(F)c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21224 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)C(NC(=O)C(F)(F)CN2CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC2)C3)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21225 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCCCC5)c[nH]c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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