DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21151 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)Nc5ccncn5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21152 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCCC(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)C2)c1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21153 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CN4CCOCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21154 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21155 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4[nH]c(CN5CCOCC5)cc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21156 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)CN5CCCC5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21157 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2O)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21158 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2CNc2cnnn2C)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21159 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(NC(=O)c3ccc(F)c(F)c3)cc2NCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21160 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4[nH]c(CCN5C=COCC5)cc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21161 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2CN(C(=O)NC(=O)c2ccc(O)cc2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21162 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21163 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)Nc5cccc(C(F)(F)F)c5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21164 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3nc(-c4cccc(CN5CCOCC5)c4)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21165 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)CCC(CN3CCOCC3)C4)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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