DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21091 COc1ccc(OC)c(/C=N/C(=O)c2cc3cc(-c4ccc(C(C)(C)C)cc4)ccc3o2)c1 AlphaDrug 5E2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21092 CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(-c3ccccc3)ccc2o1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5E2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21093 CC(NC(=O)C(CC1CCCCC1)NC(=O)c1ccc2c(c1)CCCC2)C1CCCCC1 AlphaDrug 5E2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21094 CC(Cc1cccc(F)c1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(-c3ccccc3)ccc2o1 AlphaDrug 5E2P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21095 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(C3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)cnc2N)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21096 CS(=O)(=O)c1ccc(N)c(-n2nc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2N)c1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21097 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(N3CCNCC3)nc3n[nH]cc23)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21098 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nnc(-c3cc(OCC4CC4)ncc3Cl)s2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21099 CS(=O)(=O)c1ccc(NC2CCN(c3ccncc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21100 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nnc(C(=O)N3CCCC3)s2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21101 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nnc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3Cl)o2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21102 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nnc(-c3cc(F)ccc3Cl)o2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21103 CS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nnc(-c3cc(C4CC4)ns3)o2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21104 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2nc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c(C3CC3)[nH]2)cc1 AlphaDrug 6FTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21105 CN1CCN(CCn2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c3)cn2)CC1 AlphaDrug 4R74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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