Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21106	CN1C=CN(C2COc3cc(-c4nc(Nc5ccc(C(=O)O)cc5)ncc4F)ccc32)C=C1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21107	CN1CCN(C(=O)Nc2cc(OC(=O)N(C)C)c(Cl)c(Oc3ccc(F)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21108	Cc1cc2cnc(Nc3ccc(C(=O)N4CCN(C)CC4)cc3)nc2n1C1CCCC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21109	CN1CCN(C2CCN(c3ncnc(Nc4ccc(C(=O)O)cc4)n3)CC2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21110	CN1CCN(C(=O)c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(NC(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)ccn3)c2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21111	CN1CCN(c2ccc(Nc3nccc(-c4cccc(S(N)(=O)=O)c4)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21112	CN1CCN(C2CCN(c3ccnc(Nc4ccc(C(=O)O)cc4)n3)C2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21113	CN1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4cnn(C5CCCCC5)c4c3)c2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21114	CN1CCN(c2ccc(Nc3ncc(F)c(NC4CCCCC4)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	4R74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21115	COc1cc(-c2ccc(C)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	6I62	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21116	COc1cc(-c2cncc(C)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2cccc3ccccc23)CC1	AlphaDrug	6I62	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21117	COc1cc(-c2ccc(C(F)(F)[PH](=O)(O)(O)O)cc2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	6I62	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21118	COc1cc(-c2ccc(F)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	6I62	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21119	COc1cc(-c2cc(Cl)ccc2O)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	6I62	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21120	COc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1C(=O)N1CCN(c2nc3cc(C(F)(F)F)ccc3[nH]2)CC1	AlphaDrug	6I62	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

21106 to 21120 of 73725 items. Total 4915 pages.