DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21136 COc1cc(NC(=O)c2ccc3c(c2)CCC(C)(C)O3)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21137 COc1cc(NC(=O)c2ccc3c(c2)C(=O)CC(C)(C)O3)c2ccccc2c1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21138 COc1cc(NC(=S)c2cccc(N3CCN(S(=O)(=O)Cc4ccccc4)CC3)c2)ccc1Oc1ccccc1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21139 COc1cc(NC(=O)c2ccc3c(c2)NC(=O)C(C)(C)O3)c2[nH]c(=O)[nH]c(=O)c2c1C AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21140 COc1cc(NC(=O)c2ccc3oc(C)cc3c2)c2ccccc2c1CC(=O)O AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21141 COc1cc(C(=O)O)ccc1Oc1cccc(Oc2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21142 COc1cc(NC(=O)c2ccc3c(c2)NC(=O)C(C)(C)O3)c2ccccc2c1C AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21143 O=C(NCCCN1CCN(c2ccc(C3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)cc2)C1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21144 COc1cc(NC(=O)c2ccc3c(c2)OCCO3)c2ccccc2c1-c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21145 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)C(C(=O)N2CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC2)C3)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21146 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(-c4cnc5[nH]cc(F)c5c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21147 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)Nc5cc(N6C=CCCC6)ncn5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21148 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21149 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CCN4CCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21150 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(CNC(=O)c4cccnc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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