DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21121 Nc1nc(NCc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc(N2CCC(O)CC2)n1 AlphaDrug 6I62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21122 COc1ccc2cc(-c3cc(-n4cnc5cc(C(=O)O)ccc54)ccc3C(=O)O)ccc2c1 AlphaDrug 6I62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21123 COc1cc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(OCC3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6I62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21124 COc1cc(-c2cncc(C(=O)O)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(Cl)cc2C)CC1 AlphaDrug 6I62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21125 Cc1ccccc1C(=O)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)c1ccc2ccc(N)c(C)c2c1 AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21126 Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1C(=O)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21127 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)O AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21128 Cc1n[nH]c2cc(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(=O)c3cc(C)n(C)c3C(=O)NC(=O)c3cccc(-c4cccnc4)c3)ccc12 AlphaDrug 6G27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21129 Cc1ccc(C(=O)O)cc1-c1cccc2cc(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(C)(C)C)ccc12 AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21130 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(=O)c1cnn(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6G27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21131 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(=O)c1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1O AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21132 Cc1cc(NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2)c(C(=O)NO)c(N2CCC(C)C2)n1 AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21133 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(=O)c1cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc1F AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21134 Cc1ccc(C(=O)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)c2cc3ccccc3[nH]2)cn1 AlphaDrug 6G27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21135 COc1cc(N2CCN(CCC(=O)O)CC2)nc(Sc2ccc(Oc3ccccc3)cc2)n1 AlphaDrug 5TPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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