DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21166 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)C(O)C(O)CO4)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21167 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cc4ccccc4[nH]3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21168 Cc1cccc(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)O)cc2)c1C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21169 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)NC(=O)Cc5ccccc5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21170 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C4CCCCC4)cc3O)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21171 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(CNC4CC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21172 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(CN4CCN(C(=O)C(C)C)CC4)cc3)cc2F)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21173 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4cccc(NC(=O)Nc5ccnc(C(F)(F)F)c5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21174 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)C3(CCCCC3)CO4)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21175 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(C)C)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21176 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)C(CN2CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC2)CO3)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21177 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21178 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C4CCCCC4)cc3)cc2OC(F)F)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21179 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(O)cccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21180 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)NC(NC(C)(C)c2ccc(F)cc2)=NC(NC2CCCCC2)=N3)cc1 AlphaDrug 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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