Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21076	C#CCNC(=O)C1CCN(C(C)=O)CCC(NC(=O)c2ccc(O)c(NS(=O)(=O)c3cccc(Cl)c3)c2)C1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21077	CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1cnc(N2CCOCC2)cn1)C(=O)OC(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21078	CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1cnn(-c2ccccc2)c1)C(=O)OC(C)(C)C	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21079	CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C1CCCCC1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NCc1ccccc1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21080	CC(C)NC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)cc(-c3ccccc3)c2)CC1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21081	Cc1nn(-c2ccccc2OC(F)F)c(C)c1C(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(C)C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21082	Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(N4CCC(NC(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21083	CC(=O)NC(Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1)C(=O)OC(C)(C)C	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21084	Cc1ccc(O)c(C(=O)NC(Cc2ccc(OCC(=O)O)cc2)C(=O)NC(C)C(=O)NC(Cc2cnn(-c3ccccc3)c2)C(=O)NCc2ccccc2)c1	AlphaDrug	6D16	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21085	CC(Nc1cc(-c2ccc(C(C)(C)O)cc2)ncn1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21086	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(-c3ccccc3)ccc2o1)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21087	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(-c3ccccc3)ccc2o1)c1cc(F)c(C(F)(F)F)cn1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21088	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2ccc(-c3ccccc3)cc2o1)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21089	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(C(N)=O)ccc2o1)C(=O)NC1CCCCC1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21090	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc2cc(-c3cnccn3)ccc2o1)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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