DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21046 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2ccccc2n1C1OC3CC(O)(CO)C1CO AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21047 O=C1N=Cc2c1c1c3ccccc3n3c1c1c2c2ccccc2n1C1COC(CO)C(O)C3O1 AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21048 O=S(=O)(NC(Cc1ccccc1)N1CCCCC1)c1ccc(NC2CCC(O)CC2)cc1Cl AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21049 O=C(O)c1ccc(OCC2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21050 O=C(c1ccc(Cl)cc1Cl)N(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)CC1OC(CO)C(O)C1O AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21051 CC1C(CO)C(O)C2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21052 COC1C(CO)C2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21053 O=c1c(-c2ccc(N3CCN(CCO)CC3)cc2)cc2ccccc2n1CC1CCCCC1 AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21054 CC12OC(CO)C(O)C(O1)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21055 COC1CC2(C)OC(C1CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5MSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21056 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4cn[nH]c4cc3NC(=O)C3(C#N)CC3)cn2)CC1 AlphaDrug 5JHB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21057 Cc1ccc(C(=O)N2CCC(Oc3ccc(-c4cccc(NC(=O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4)cc3NC(=O)NC3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5JHB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21058 Cc1ccc(C(=O)NC(=O)c2ccc(CNC(=O)c3ccc(O)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5JHB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21059 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cc(C(=O)NCC(C)(C)C#N)ccc3Cc3nnc[nH]3)s2)nc1 AlphaDrug 5JHB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21060 Cc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)Nc3cccc(-n4cnc5cnc(N)nc54)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5JHB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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