DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20986 COc1ccc(-c2cc(-c3cnc4[nH]ccc4c3)cc(C3CC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20987 Cc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20988 COc1ccc(-c2cc(OCC(F)(F)F)cc(-c3cccc4ncccc34)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20989 C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1ccccc1OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)O AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20990 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(CC(=O)O)c(C)c3)cc3ncccc23)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20991 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(-c4cccc5ncccc45)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20992 C=C(c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20993 COc1ccc(-c2cc(C3CC3(C)C)cc(C3(C)CCCCCC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20994 COc1ccc(C(=O)NC2=C(OCc3ccc(C(=O)O)cc3)CCCC2)cc1C(C)C AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20995 COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(CS(N)(=O)=O)C(=O)O AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20996 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3cccc(C4(C(=O)O)CCC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20997 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(C4CCCCCC4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20998 C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1ccccc1OCCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)O AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20999 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21000 CC1CCC(Oc2ccc(-c3cc(Cl)cc(C4(C(=O)O)CC4)c3)cc2C2CCC(N)C2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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