DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20971 COc1ccc(-c2cc(C3CCCCCC3)cc(F)c2C(F)(F)F)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20972 COc1ccc(-c2cc(C(O)c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20973 COc1ccc(-c2cc(/C3=C/CCCCCC3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20974 COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCC3)cc(C3CCC3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20975 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3cccc(C4=CCCCC4(C)C)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20976 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(O)c(O)c3C(=O)COCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)O)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20977 COc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)c2)cc1C(C(=O)O)C1CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20978 COc1ccc(-c2cc(C3=CCCCC(C)(C)C3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20979 CC1CCC(Oc2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3Cc3ccccc3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20980 C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cc(O)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20981 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3cccc(C4CC(O)C(C)(C)O4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20982 CC1CCCC(/C(=C\c2ccc(O)c(C(=O)O)c2)c2cc(O)cc(O)c2)N1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20983 CC1CCC(Oc2cccc(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3Cc3ccccc3)c2)CC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20984 COc1ccc(-c2cc(C(O)c3ccc(F)cc3)cc(C3CC3(C)C)c2)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20985 COc1ccc(-c2cc(C3CC=CCC3)cc(F)c2C(F)(F)F)cc1C(C(=O)O)C1CCCC1 AlphaDrug 2ZEN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

20971 to 20985 of 73725 items. Total 4915 pages.