Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20941	Cc1ccc(S(=O)(=O)NCC2CCCN(c3ccc(-c4cncc(C(F)(F)F)c4)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	6D17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20942	Cc1ccc(N(CC(=O)Nc2ccccc2)c2ccc(C(C)(C)C(=O)/N=C/C(=O)N3CCC(NC(=O)CCC(=O)O)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6D17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20943	Cc1cccc(NCCC2(c3ccccc3)CCN(C(=O)Nc3ccc(N4CCCCC4)cc3)C2)c1	AlphaDrug	6D17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20944	Cc1ccc(-c2oc3ccccc3c2CNC(=O)c2ccc(C#N)cc2)cc1	AlphaDrug	6D17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20945	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cn(CC(F)F)c2ccccc12	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20946	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc3ccccc23)c1	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20947	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(Cl)cc2)c1	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20948	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)N1CCC(NC(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)CC1	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20949	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)c1	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20950	CC(C)CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)C(=O)N1C(=O)C(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)NC(C)(C)C	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20951	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)C(NC(=O)c1cccc2ccccc12)c1ccccc1	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20952	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20953	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cc(-c2ccccc2)sc1O	AlphaDrug	5N1R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20954	COc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(C(=O)O)C1C=CC=C1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20955	C=C(C(=O)c1cccc(OC2CCC(C)CC2)c1)c1cccc(C(O)C(O)C(O)C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	2ZEN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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