DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20881 CC(=O)NCCNC(=O)C(C)Cc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6R0V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20882 NC(N)=Nc1ccc(-c2ccc(C3COc4cc(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)ccc4C3)cc2)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20883 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(O)c4ccc(O)c(O)c4)c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20884 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(O)c4ccc(O)c5ccccc45)c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20885 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(CCNC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc2OCC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20886 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(Cl)cc3ccc(O)cc23)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20887 NC(N)=Nc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(CC(=O)NC3CCN(Cc4ccc(F)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20888 CC(NC(=O)c1ccc(O)c(-c2cccc(C(C)(C)C)c2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20889 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc4ccccc34)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20890 Cc1cc(-c2ccc(N=C(N)N)cc2)cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20891 Cn1ncnc1-c1ccc(OCc2ccc(OCC(F)(F)F)c(-c3ccc(N=C(N)N)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20892 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20893 COc1ccc(-c2[nH]c3cc(CC4CCNC4)ncc3c2-c2ccnc(N)c2)cc1 AlphaDrug 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20894 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)OCC(=O)NC4 AlphaDrug 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20895 CNC1CC2C1N(C)C(Cc1ccc(F)cc1)CN2CCc1c[nH]c2ccccc12 AlphaDrug 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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