Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20836	CC(C)c1cc2cccc(OCC(=O)c3cccc(OCC(=O)O)c3)c2o1	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20837	CC(C)c1ccc(C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C4CCCCCC4)cc3Cl)CC2)cc1O	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20838	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20839	CC(C)c1ccc(C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3F)CC2)cc1O	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20840	CC(C)c1ccc(C(=O)N2CCC(NC(C(=O)NCC(C)(C)CC(N)=O)C3CCCCC3)CC2)cc1O	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20841	C=C(C)CNC(=O)c1ccc(C(C)C)c(OC/C=C/c2ccc(O)c(O)c2)c1	AlphaDrug	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20842	CCOc1cc(C(=O)OC)ccc1-c1ccc(C2CCCCN2C(=O)OC(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20843	CCOc1cc(-c2ccc(C)c(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)ccc1-c1ccc2c(N)cccc2n1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20844	CCOc1cc(-c2cccc(NC(=O)C3CCCCC3(C)C)c2)ccc1-c1cncc2ccccc12	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20845	CCOc1cc(-c2ccc(CC(=O)O)cc2)ccc1-c1ccc2c(N)ncnc2c1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20846	CCOc1cc(-c2ccc(C)c(NS(=O)(=O)c3cn(CC(=O)O)c4ccccc34)c2)ccc1-c1ccc2c(N)cccc2n1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20847	CCOc1cc(-c2ccc(CN3CCCC3(C)C)cc2)ccc1-c1ccc2c(N)cccc2n1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20848	CC1CCCCN1c1cc(-c2cc(-c3c(O)cccc3-c3ccc4ccccc4c3)ccc2O)ccc1O	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20849	CCOc1cc(-c2ccc(C)c(NS(=O)(=O)c3cccc(-c4ncnn4-c4ccccc4)c3)c2)ccc1-c1ccc2c(N)cccc2n1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20850	CCOc1cc(-c2ccc(CN3CCCCC3(C)C)cc2)ccc1-c1ccc2c(N)cccc2c1	AlphaDrug	5J6N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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