Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20776	CNC1C2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20777	CC1CN(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CCN1C(=O)Nc1ccc(N2CCCC2)cc1	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20778	CNC1C2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20779	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20780	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20781	Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(N4CCCCC4)cc3)ncc2C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20782	CC(C)(C)c1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20783	CC(CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1)N1CCN(C)CC1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20784	CC1CNCCCC1Oc1ccc(-c2nc3c(O)cc(O)cc3o2)cc1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20785	CC1CN(c2ccc(N(C)Cc3ccc(C(=O)OC(C)(C)C)cc3)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20786	CC1CN(C)CCc2ccc(C(=O)c3cccc(C(=O)NC(CO)c4ccccc4)c3)cc21	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20787	CC1CN(C)CCc2ccc(-c3nc(C(=O)NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc(N4CCC(N(C)C)CC4)n3)cc21	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20788	CC1CN(C)CCCC1C(=O)c1ccc(N(C)Cc2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20789	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)N3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)cc1C(=O)c1ccc2c(c1)C(C)CN(C)CC2	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20790	CC1CN(CCc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)CCN(C(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	5OS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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