Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20761	O=C(C1CC1)N1CCN(c2ccc(Nc3nc(-c4cccc(OC5CCN(CCO)CC5)c4)c4ccccc4n3)cc2)CC1	AlphaDrug	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20762	O=C(NCCO)C1CCN(c2cccc(Nc3ncnc(N4CCC(N5CCCC5)CC4)n3)c2)CC1	AlphaDrug	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20763	COc1nc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C)cc3)cc(N3CC(OC)C3)c2)ccc1C	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20764	CC(C)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2NC(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20765	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccccc4-c4ccccc4)cc3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20766	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc4ncccc4c3)cc2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20767	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C)c(C(=O)O)c3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20768	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(COc4ccc5c(c4)cc(C)n5C)cc3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20769	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccccc4)cc3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20770	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc4cccc(O)c4c3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20771	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccccc4O)c(Cl)c3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20772	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccc5ncccc5c4)c(F)c3)c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	6DAR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20773	CC1CC(C)N(CCc2ccc(C(=O)O)cc2)C(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)C1C	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20774	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20775	COC(=O)CN1CCC(Nc2nc3ccc(Cl)cc3s2)CC1	AlphaDrug	5C2H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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