DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20746 OCCN1CCC(Oc2cccc(-c3cccc(-c4n[nH]c5ccccc45)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20747 O=C(Nc1ccc(F)c(-c2cccc(OC3CCN(CCO)CC3)c2)c1)c1ccncc1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20748 OCCN1CCC(Oc2cccc(-c3ccc4nc(C5CCN(C6CC6)CC5)cnc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20749 O=C(NC1(c2ccccc2)CC1)c1ccc2cc(-c3cccc(OC4CCN(CCO)CC4)c3)ccc2n1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20750 OCCN1CCC(Oc2cccc(-c3ccc4nc(C5=NN(C6CC6)CC5)ccc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20751 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(Oc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20752 O=C(NCCOC1CCN(CCO)C1)c1ccc2nc(Nc3ccccc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20753 OCCN1CCC(Oc2cccc(-c3nc(N4CCCC4)nc4ncccc34)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20754 OCCN1CCC(Oc2cccc(Nc3nc(N4CCC(N5CCCC5)CC4)nc4ncccc34)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20755 O=C(NCC1(c2cccc(F)c2)CC1)c1ccc2cc(-c3cccc(OC4CCN(CCO)CC4)c3)ccc2n1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20756 CC(C)(C)OC(=O)N1C=CC(Oc2cccc(C(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)ncn3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20757 O=S(=O)(c1ccc(Nc2cc(-c3cccc(OC4CCN(CCO)CC4)c3)ncn2)cc1)N1CCCCC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20758 O=C(CCCCCCCCO)Nc1ccc2[nH]c(-c3cccc(OC4CCN(CCO)CC4)n3)nc2c1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20759 O=C(C1CC1)N1CCN(c2ccnc(Nc3cc(NC4CCC5CN(CC5O)CC4CO)on3)n2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20760 OCCN1CCC(Oc2cccc(-c3ccc4nc(-c5ccccc5)[nH]c4c3)c2)CC1 AlphaDrug 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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