DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20806 NC(=O)c1cc(C(=O)c2cc3ccccc3cc2CCCC(=O)O)ccc1Nc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20807 NC(=O)c1cc(Nc2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cn2)ccc1O AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20808 NC(=O)c1cc(C(=O)c2cn(C3CCN(C(=O)O)CC3)c3ccccc23)ccc1Nc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20809 NC(=O)c1cc(-c2ccc3c(ccn3Cc3ccccc3)c2)ccc1Nc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20810 CC(C)(C)CC(=O)Nc1nc2ccc(Cl)cc2n1CCCCOc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20811 Cc1c(-c2ccc(Nc3ccc(O)cc3)c(C(N)=O)c2)nnn1CC(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20812 Cc1ccc(N2CCN(c3ccc(N4C(=O)NC(c5ccc(Cl)cc5)C4=O)nc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20813 O=C(O)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(Cl)c(Cl)c2)c(-c2cccc(-c3ccc4ccccc4c3)c2)c1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20814 Cc1ccc(N2CCN(c3cc4cc(-c5ccccc5)cc(C)c4s3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20815 Cc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(C)(C)c4ccc(C)cc4)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20816 Cc1ccc(N2CCC(Nc3ccc(C(=O)NC4C5CC6CC(CC(C6)C4(C)C)O5)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20817 Cc1ccc(N2CCN(c3cc(C(=O)O)cc(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4C)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20818 Cc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(C)(C)c4cccc(Cl)c4)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20819 Cc1ccc(N2CCN(c3cc(-c4c(F)cccc4F)nc(N)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20820 Cc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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