Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20866	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20867	CCC(=O)N1CCCC(n2c(C)nc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4N)cc3)c2C)C1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20868	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20869	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3nnc(N)s3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20870	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3nnc(C(C)(C)O)c(C(F)(F)F)n3)cc(S(N)(=O)=O)c2)CC1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20871	CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C#N)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4F)o3)n2)CC1	AlphaDrug	5LIF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20872	CC(=O)N(C)C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2C(=O)Nc2ccccc2)ccc1C	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20873	CC(C)=CCNC1C(O)C2C(O)CN(CC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c3ccccc3N12	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20874	CC(C)=CNC(=O)Cc1cc(NS(=O)(=O)c2ccccc2)ccc1-c1ccccc1	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20875	CC(=O)N(C)C(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccccc1-c1ccccc1	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20876	CC(C)=CNC(=O)COc1cccc(CNC(=O)C2CCCN2C(=O)C(c2ccccc2)N2CCCCC2)c1	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20877	CC(C)=CNC(=O)C(=O)Nc1cc(-c2ccccc2)ccc1C	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20878	Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1S(=O)(=O)N1CCCC(O)C1C(=O)NC(C)C	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20879	CC(C)=CNC(=O)C(=O)Nc1ccccc1-c1ccccc1C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20880	CC(C)=CNC(=O)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccccc1C(=O)O	AlphaDrug	6R0V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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